Ao acessar o painel da GerenciaNet é possível visualizar que existe mais de 1 transação para 1 fatura isso é normal?
Sim, visando garantir a unicidade dos pagamentos a cada geração/visualização de faturas ou envios de email é gerada uma nova transação na GerenciaNet.
Isso não irá comprometer o funcionamento em nenhum momento, não importa a quantidade de transações geradas... só irá valer o boleto que seu cliente pagar.
Se você utiliza exclusivamente o WHMCS para envio das cobranças seu painel da GerenciaNet só servirá para efetuar saques e nada mais.
Caso você utilize o WHMCS para envio das faturas recomendamos que não habilite a opção "Notificação Cliente" nas configurações do módulo Fortunus.
Dúvidas? Consulte o manual.